DOS操作系统是由一个引导程序+3处程序模块+若干款实用程序组成的;具有3处程序模块称为启动盘;如果是3处程序模块+若干款实用程序则称为系统盘;
MS DOS采用模块结构，由一个引导程序和三个模块程序构成：
1 Boot引导程序：
Boot是在磁盘初始化时，由格式化命令Format写在软盘第0扇区或硬盘的主引导扇区上的；主要任务是检查哪个驱动器是DOS系统盘，及系统盘根目录上的头两个文件是否是IO.SYS和MSDOS.SYS;并且把IO.SYS读入内存；
2 IO.SYS(输入输出处理程序)及ROM-BIOS(固化在ROM中，是一个具体的设备驱动程序）；
IO.SYS是进行输入输出的接口模块，主要任务包括：
2.1 负责调入MSDOS.SYS；
2.2 解释DOS系统配置文件config.sys,设置系统的运行环境；
2.3 装入command.com模块，在系统运行过程中，接到输入输出请求后，先由IO.SYS对命令加以解释，转换成有关设备控制命令，然后再与ROM-bIOS中具体的设备驱动程序发生关联，进而完成用户所要求的输入输出任务；
3 MSDOS.SYS（文件处理程序）：管理文件、内存、外部设备及其他系统资源；
4 command.com（命令处理程序）：人机界面；是命令处理程序模块，是DOS与用户之间的接口；
4.1 接收用户输入的各种命令，解释后加以执行；(内部命令的解释和处理,外部命令的装载和执行);
4.2 设置DOS有关中断向量；
4.3 检查启动时有无DOS的自动执行批处理文件（autoexec.bat)，若有，则负责解释执行；
command.com的内存包括：暂驻内存模块CCPT和常驻内存模块CCPR构成，CCPT包括a 接收及解释程序；b 内存命令程序；c 批命令处理程序；d 外部命令装入程序；
引导盘：Boot引导程序+IO.sys+MSDOS.sys+command.com即可启动到DOS，如果除此之外还包含许多DOS外部命令的磁盘则称为系统盘；在DOS引导系统时，依次将三个核心文件读入，然后 磁盘寻找并加载config.sys(系统配置文件）和Auto.bat(自动批处理文件，批处理文件是一些DOS命令的集合，CMD:*.BAT可执行），最后完成系统引导；上述DOS的4个核心启动程序不能使用copy直接复制，必须用sys or format命令来传送，否则无法完成DOS系统的启动；（正如Windows的安装程序需要专门的提取工具来提取一样）；
内部命令：是由command.com本身可实现的命令，内部命令对应的子程序就包含在command.com文件里，随每次启动的command.com装入并常驻内存，所以执行内部命令无须加载其它文件；进入DOS后，内部命令即常驻内存，可在任意路径下执行；如cd,dir
dir,ver,date,time,cls
外部命令：是那些存储在磁盘上的是以扩展名为COM或EXE的可执行文件（或DOS小工具，如Ghost,fdisk)，不包含在command.com文件中，运行时，必须从磁盘加载到内存的暂存程序区域里，所以执行外部命令时，必须确保在当前目录下存在该文件（或[path] keyword [parameter])，外部命令是指扩展名为.com、.exe、.bat的文件，也称为可执行文件；外部命令需要保证命令文件在当前的目录中，或在autoexec.bat文件中已经被加载了路径（包含path命令列举可搜索的路径，外部命令的执行只限只当前目录（不包括其下子目录）和path命令列举的路径下搜索）；如xcopy就量是一个外部的dos命令，双击时有CMD窗口一闪而过，说明只能在命令提示符下操作，其路径为：c:\windows\xcopy.exe;
批处理命令：在dos中，可以所需要连接运行的多条命令集中在一起，放在一个扩展名为BAT的文件中，这个文件就叫批处理文件。运行批处理文件，就是键入批处理命令文件的文件名。这样，包含在文件中的多条命令就可以连续执行而无需分别输入了。可以看出DOS命令使用实质就是执行批处理文件。最常见的批处理文件是autoexec.bat,叫自动批处理文件，是操作系统启动时自动加载并运行的。
windows下的DOS命令：现在的windows操作系统，大多是32位或64位的，而DOS是16位的程序，所以在windows下运行“命令提示窗口”就是一个DOS的虚拟机；
autoexec.bat，如设置路径path,加载鼠标驱动mouse,磁盘加速smartdrv,设置环境变量set,光驱连接macdex、doskey程序等；这样可以减少每次启动都要进行一些常规设置工作；
如果在系统启动且屏幕上显示“starting ms-dos…"时，按F5,即可跳过io.sys and autoexec.bat；F8可单个跳过，esc可执行剩余命令；
文件和磁盘管理是DOS操作系统的两大基本功能；分别有文件管理命令和磁盘管理命令；
Win9X/Me的启动盘
启动盘中含有20多个文件，其中包含常见DOS命令，可在DOS环境下完成磁盘分区、磁盘格式化以及文件拷贝等操作。同时，它还包含了光盘驱动程序，允许你在Win9X/Me系统不能启动时，在DOS环境下直接使用光驱。
DOS引导盘
MSDOS.SYS、IO.SYS、COMMAND.COM
磁盘具有启动DOS的能力，就要有这三个文件，具有这三个文件的磁盘，就称作引导盘。
MSDOS.SYS和IO.SYS两个文件的存储位置是有限制的，它们必须位于磁盘物理位置的最前面，否则将失去引导能力。